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jeudi 7 mai 2020

Jeudi 07 mai 2020. Coronavirus, immunité ; quelques délires de l'environnement présidentiel en supplément.

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CHRONIQUE TRES SOMMAIRE DU CORORONAVIRUS SARS-Cov-2

Qui sont les fous furieux ?



Admirable Vincent LINDON. Il faut l’écouter jusqu’au bout, vous entendez ? Jusqu’au bout.



Sur les Agences régionales de Santé.


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CHRONIQUE DE L'ESPOIR ET DE LA VERITE.

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À propos de l’immunité.

Je vous avais promis de donner le résultat d’une étude chinoise publiée dans les Proceedinsgs of the National Academy of sciences of the United-States, 117, 9490-9496, 2020 (en date du 28 avril)

Effectiveness of convalescent plasma therapy in severe COVID-19 patients
Kai Duana,b,1, Bende Liuc,1, Cesheng Lid,1, Huajun Zhange,1, Ting Yuf,1, Jieming Qug,h,i,1, Min Zhoug,h,i,1,
Li Chenj,1, Shengli Mengb, Yong Hud, Cheng Penge, Mingchao Yuank, Jinyan Huangl, Zejun Wangb, Jianhong Yud, Xiaoxiao Gaoe, Dan Wangk, Xiaoqi Yum, Li Lib, Jiayou Zhangb, Xiao Wud, Bei Lie, Yanping Xug,h,i, Wei Chenb, Yan Pengd, Yeqin Hub, Lianzhen Lind, Xuefei Liug,h,i, Shihe Huangb, Zhijun Zhoud, Lianghao Zhangb, Yue Wangd,
Zhi Zhangb, Kun Dengd, Zhiwu Xiab, Qin Gongd, Wei Zhangd, Xiaobei Zhengd, Ying Liud, Huichuan Yanga,
Dongbo Zhoua, Ding Yua, Jifeng Houn, Zhengli Shie, Saijuan Chenl, Zhu Chenl,2, Xinxin Zhangm,2,
and Xiaoming Yanga,b,2 

Je ne vous donne ici que le résumé de l’article :

"Currently, there are no approved specific antiviral agents for novel coronavirus disease 2019 (COVID-19). In this study, 10 severe pa- tients confirmed by real-time viral RNA test were enrolled prospec- tively. One dose of 200 mL of convalescent plasma (CP) derived from recently recovered donors with the neutralizing antibody titers above 1:640 was transfused to the patients as an addition to maximal supportive care and antiviral agents. The primary end- point was the safety of CP transfusion. The second endpoints were the improvement of clinical symptoms and laboratory parameters within 3 d after CP transfusion. The median time from onset of illness to CP transfusion was 16.5 d. After CP transfusion, the level of neutralizing antibody increased rapidly up to 1:640 in five cases, while that of the other four cases maintained at a high level (1:640). The clinical symptoms were significantly improved along with increase of oxyhemoglobin saturation within 3 d. Several parameters tended to improve as compared to pretransfusion, in- cluding increased lymphocyte counts (0.65 × 109/L vs. 0.76 × 109/L) and decreased C-reactive protein (55.98 mg/L vs. 18.13 mg/L). Radiological examinations showed varying degrees of absorption of lung lesions within 7 d. The viral load was undetectable after transfusion in seven patients who had previous viremia. No severe adverse effects were observed. This study showed CP therapy was well tolerated and could potentially improve the clinical outcomes through neutralizing viremia in severe COVID-19 cases. The optimal dose and time point, as well as the clinical benefit of CP ther-apy, needs further investigation in larger well-controlled trials."

Cet article paru dans un des meilleurs journaux scientifiques du monde, nous en apprend beaucoup sur la maladie. D’abord, et c’est une chose qui, pour moi en tout cas, n’était pas connue ou plutôt établie, la maladie s’accompagne d’une phase virémique, c’est-à-dire d’un moment de la maladie pendant lequel le virus passe dans le sang et peut donc atteindre dans l’organisme toutes les cellules qui expriment son récepteur, le fameux ACE2. Il est donc évident que plus un traitement antiviral, du type de celui préconisé par le Pr RAOULT, est appliqué tôt et plus on évite les complications qui peuvent survenir par l’infection de divers organes. Vous notez aussi la prudence à propos des traitements. Ils ne parlent pas de traitement inefficaces (car la méthode RAOULT est très largement utilisée en Chine), ils se bornent à dire qu’il n’y a pas de « traitement spécifique approuvé », ce qui n’est pas la même chose.
Ensuite, l’activité neutralisante des plasmas est évaluée par la méthode dite de réduction du nombre de plages de nécrose cellulaire formées par le virus, sous couche nutritive agarosée. Les cellules sont des cellules de rein de singe en lignée, Véro E6. J’ai pratiqué des centaines de fois cette méthode pour titrer l’interféron de poulet lors de ma thèse, en utilisant des fibroblastes d'embryon de poulet ; elle est délicate, mais très reproductible. Bien entendu, les plasmas sont ABO compatibles. Les auteurs utilisent aussi une technique dite ELISA pour titrer les anticorps dirigés contre le domaine de liaison des spicules de surface au récepteur ACE2 qui sont, dans un plasma, ceux des anticorps neutralisants qui apparaissent, avec d'autres anticorps dirigés contre d'autres protéines du virus (celles de la capside, notamment).
Toutes les manipulations du virus sont effectuées dans le fameux laboratoire P4 de WUHAN.
Il est donc clair que la maladie est immunisante et que les épreuves sérologiques sont essentielles pour détecter l’état immun. Néanmoins, il est nécessaire d’utiliser des plasmas de patients guéris, habitant la zone où la maladie s’est déclarée, si l’on désire les utiliser à des fins thérapeutiques. En effet, il est assez vraisemblable que, comme beaucoup de virus à RNA, le SARS-Cov-2 développe des mutations qui le font échapper partiellement à l’immunité locale et permettent son extension.
Je suis en mesure de vous dire, de source sûre, que l’Institut Pasteur fait appel à des sujets guéris pour qu’ils donnent leur sang, afin de faire des essais cliniques de même nature que les essais entrepris par cette équipe.

J’avoue que je suis absolument stupéfié du silence dans lequel les pouvoirs publics et les médias sont plongés et nous plongent. Et je m’étonne aussi de celui des virologues français qui sont excellents. De quoi ont-ils peur ? Qu’on leur coupe les crédits parce qu’ils ne vont pas dans le sens du vent ? Allons, un peu de courage. La défense de la vérité et de la vie vaut bien quelques sacrifices.




dimanche 3 mai 2020

Dimanche 03 mai 2020. Il paraîtrait que les épreuves sérologiques ne serviraient à rien pour détecter l'immunité contre le SARC-Cov-2...

Madame Dominique LE GULUDEC présidente de la Haute autorité de Santé a rendu public l’avis de cette instance sur l’usage des épreuves sérologiques permettant de savoir si une personne a été infectée par le SARS-Cov-2, agent de la Covid-19 et est immunisée. L’épreuve sérologique, d’après elle (mais elle parle au nom de la structure qu’elle préside, et son avis a été validé, je suppose, par les scientifiques qui en font partie) ne permet pas de savoir si les patients sont ou non immunisés.
Je trouve que cet avis, prudent sans doute, n’est nullement fondé sur un plan scientifique. Je vais essayer de le démontrer.

Les anticorps neutralisants, dans le cas des virus enveloppés, sont dirigés contre les projections superficielles du virus, et empêchent ce dernier de se fixer sur son récepteur cellulaire.

Il existe des méthodes très sophistiquées, et sur lesquelles je n’insisterai pas, qui permettent de reconstituer la structure spatiale des protéines. Cette reconstitution a été faite pour ce qui concerne les projections superficielles ou spicules, qui sont insérées dans l’enveloppe membraneuse des Coronavirus (cf Fang LI. Structure, function and evolution of coronavirus spike proteins. Annu. Rev. Virol., 3, 237-261, 2016) et l’on connaît de même la structure spatiale du récepteur du SARS-Cov-2 qui est l’ACE2. L’interaction spatiale du spicule (qui est en fait une structure dite trimérique, c’est-à-dire contenant trois molécules protéiques identiques agencées entre elle selon une symétrie axiale) avec son récepteur a été également modélisée. 

Dans un article qui vient de paraître (Alexandra WALLS, Young-Jun PARK, M. Alejandra TORTORICI, Abigail WALL, Andrew T. McGUIRE et David VEESLER. Structure, function and antigenicity of the SARS-Cov-2 spike glycoprotein. Cell, 180, 1-12, 2020), et qui est absolument remarquable, les auteurs étudient l’antigénicité des spicules. Une  Figure de l’article, montre à quel niveau de détail on est descendu pour étudier cette question : je ne peux pas vous la présenter.


Cette Figure montre le domaine du spicule qui se fixe au récepteur cellulaire du virus, le fameux ACE2. Les auteurs prouvent que le virus suscite la production d’anticorps neutralisants qui réagissent avec une séquence appelée S, indispensable à la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane de l’endosome. Les auteurs détaillent la position des sites antigéniques spécifiques que l’on appelle les épitopes, et qui sont impliqués dans la production d’anticorps neutralisants. Très justement, ils concluent que la stimulation de réponses immunitaires humorales polyclonales sont susceptibles de prévenir l’émergence de mutants échappant à la neutralisation (Finally, elicitation of diverse polyclonal antibody responses might prove key in light of the diversity of viruses circulating in animal reservoirs and in preventing the possible emergence of viral neutralization escape mutants).

J’ajoute que lorsque j’étais encore en poste à Strasbourg, un collègue directeur de Recherche au CNRS, très versé dans l’immunochimie, le Dr Van REGENMORTEL m’avait aimablement envoyé un logiciel qui permettait, à partir d’une séquence protéique, de prévoir les régions d’une protéine susceptibles d’être des épitopes. On peut toujours l'utiliser, même s'il commence à dater.

Dire que les épreuves sérologiques sont dépourvus d’intérêt pour détecter un état d’immunité est donc soit le fruit d’une ignorance incompréhensible, soit un mensonge destiné à masquer une triste réalité : nous n’avons pas assez de tests pour détecter l’état immun de nos concitoyens.

Je mets au défit qui que ce soit de contredire ce que je viens de dire.